מצווה לספור מליל קציר העומר, תשעה וארבעים יום שהם שבעה שבועות. ליל קציר העומר הוא ליל טז בניסן החל במוצאי יום טוב ראשון של פסח, ובו היו קוצרים שעורים, מביאים אותן לעזרה, דשים וזורים אותן ברוח, בוררים אותן מפסולת, קולים את הגרגירים באש וטוחנים אותם היטב. מתוך הקמח לוקחים שיעור עשירית האיפה, מנפים אותו בשלוש עשרה נפות, בוללים אותו בלוג שמן ונותנים עליו קומץ לבונה. למחרת בבוקר היה הכהן מניפו, לוקח ממנו קומץ ומקטיר אותו על גבי המזבח.
לאחר שהקומץ הוקטר הותר לכל העם לאכול מהתבואה החדשה. ספירת העומר היא מצוות עשה מהתורה לספור כל יום במשך ארבעים ותשעה ימים. ישנה מחלוקת בהלכה האם בזמנינו , שאין בית המקדש קיים ולא מקריבים את קרבן העומר האם חיוב הספירה הוא מדאורייתא כלומר, ציווי התורה אינו תלוי אם בפועל מקריבים את קורבן העומר או הוא מדרבנן כלומר תקנת חכמים זכר למקדש. לדעת הרא”ש והר”ן ועוד ראשונים, רק בזמן שהיו מקריבים את עומר התנופה בבית המקדש ביום ט”ז בניסן, הייתה מצווה מן התורה לספור ספירת העומר, שנאמר: “וספרתם לכם ממחרת השבת מיום הביאכם את עומר התנופה שבע שבתות תמימות תהיינה”. אבל כיום שאין מביאים את עומר התנופה, המצווה מדברי חכמים, שתיקנוה כזכר לספירת העומר שהייתה בזמן שבית המקדש היה קיים. וזה הטעם שנוהגים להתפלל אחר ספירת העומר על בניית המקדש, שכאשר ייבנה נקיים את מצוות ספירת העומר מהתורה ולא רק מצד תקנת חכמים. ולדעת הרמב”ם והראבי”ה, הזכרת יום הבאת העומר נועדה ללמדנו את התאריך של תחילת הספירה, אבל אין היא תנאי הכרחי , וגם היום כשבית המקדש חרב ואין אנו יכולים להביא את קורבן העומר, מצווה מן התורה לספור את ספירת העומר.
המשמעות המעשית של הלכה זו נוגעת למצבים של ספק. לדוגמא, מי שספר בבין השמשות, היינו בין שקיעת החמה לצאת הכוכבים שהוא ספק יום ספק לילה, מתעורר ספק האם קיים את מצוות הספירה. אם נחשיב את בין השמשות ליום – לא קיים את המצווה, שעדין לא הגיע זמן הספירה של היום הבא, אבל אם נחשיב אותו כלילה – קיים את המצווה. לדעת רוב הפוסקים וכן נפסק בשולחן ערוך (סי’ תפ”ט סעיף ב) הסופר בבין השמשות יצא ידי חובה, מפני שספירת העומר בזמן הזה מדברי חכמים, ובכל ספק הולכים לקולא. אולם לדעת הרבה אחרונים , נכון להחמיר ולחזור לספור אחרי צאת הכוכבים בלא ברכה, כדי לצאת ידי חובת המצווה גם לדעת הסוברים שספירת העומר בזמן הזה מן התורה . יסוד המצווה בראשית התהוונו לעם. לאחר שהיו ישראל משועבדים למצרים ומשוקעים במ”ט שערי טומאה, לא היו ראויים לקבל את התורה, והיו צריכים להיטהר מטומאת מצרים, ועל כן המתין להם הקב”ה שבעה שבועות כדי שיטהרו ויוכלו לקבל את התורה (זוהר אמור צז). יש בספירה גם ביטוי לצפייה למתן תורה. וכך נתבאר במדרש, שכאשר בישר משה לבני ישראל, שאחר צאתם ממצרים יעבדו את האלוקים על הר סיני ויקבלו את התורה. שאלוהו: אימתי תהייה עבודה זו? אמר להם: לסוף חמישים יום. ומרוב חיבה היו מונים כל יום ואומרים: הרי עבר יום ראשון , הרי עבר יום שני, וכך בכל הימים, שמתוך חיבתם וציפייתם לתורה היה נראה בעיניהם כזמן ארוך שיבולי הלקט רלו). נמצא אם כן, שבספירת העומר באה לידי ביטוי הציפייה והכמיהה שלנו לקראת היום הגדול , יום מתן תורה. ותוך כך אנו עוברים תהליך של היטהרות, בכל מ”ט המדרגות שהאדם כלול מהן. וככל שהאדם יותר טהור ונקי מטומאה, כך הוא יכול לקלוט יותר מאורה של התורה.
כך בכל שנה, על ידי הספירה אנו מתכוננים לקבלת התורה . בספירת העומר אנו מושכים קו שהולך ועולה מפסח לחג השבועות. ח הפסח מבטא את הצד הלאומי הישראלי, שביציאת מצרים נתגלתה סגולת ישראל על ידי בחירתו של ה’ בישראל למרות היותנו שקועים במ”ט שערי טומאה. וחג השבועות מבטא את הצד הרוחני של ישראל, שאז הגענו לפסגה הרוחנית של קבלת התורה. בחג הפסח התחלנו את תהליך השחרור שלנו מעול מצרים, ובחג השבועות השלמנו את השחרור שלנו מעול היצרים והתפיסות האנושיות , וזכינו לתורה מן השמים, שכל העוסק בה נעשה בן חורין באמת.
